La categoria ecologica del fitoplancton è costituita dalle alghe che vivono sospese nell’acqua. Possono lasciarsi trasportare dalla corrente o muoversi grazie a particolari flagelli. Nel lago di Tovel, tra la varie specie di flagellati, spicca il Glenodinium sanguineum MARCHESONI, un tempo responsabile del celebre arrossamento. Grazie a due flagelli è in grado di compiere notevoli movimenti verticali lungo la colonna d’acqua per assimilare nutrienti in prossimità del fondo durante la notte e disporre della luce più intensa nelle acque superficiali durante il giorno. Il G. sanguineum in particolari condizioni sintetizza un pigmento carotenoide rosso (astaxantina) che può mascherare completamente gli organelli cellulari e conferire all’intera cellula un’intensa colorazione rossa. Durante il periodo invernale l’alga si trova in fase di quiescenza nei sedimenti lacustri sotto forma di cisti. Un altro rappresentante tipico del lago di Tovel è la Fragilaria ulna angustissima (una volta detta Synedra acus var. radians), alga unicellulare libera appartenente al gruppo delle diatomee.